O Centro de Referência Luso-Brasileiro, ligado ao Arquivo Histórico e à Biblioteca, foi criado em 1998, no âmbito das comemorações dos 500 anos da chegada dos portugueses ao Brasil, com o apoio do Instituto Camões.

Disponibiliza ao público livros e periódicos, vídeos e CD-ROMs, traçando um panorama da cultura portuguesa até a atualidade. São cerca de 1.000 novos títulos, doados pelo Instituto Camões e pela Comissão Nacional para as Comemorações Portuguesas, que integraram-se ao acervo do Museu, atualizando-o com as mais recentes pesquisas realizadas nos diversos campos do conhecimento e facilitando o acesso a importantes informações relacionadas a história comum dos dois países.

Desde outubro de 1998, já estão disponíveis para consulta CD-ROMS de 100 mil documentos sobre o período colonial brasileiro, cujos originais estão no Arquivo Ultramarino de Lisboa, numa parceria com o "Projeto Resgate da Documentação Histórica Barão do Rio Branco" do Ministério da Cultura.